根据《福州市市级机构改革实施方案》，将原市农业局（市委农村工作领导小组办公室）的职责，以及市发展和改革委员会的农业投资项目、市财政局的农业综合开发项目、原市国土资源局的农田整治项目、市水利局的农田水利建设项目管理职责等整合，组建市农业农村局，作为市政府工作部门。市委农村工作领导小组办公室设在市农业农村局。市农业农村局加挂市扶贫开发领导小组办公室、市委实施乡村振兴战略领导小组办公室牌子。
市农业农村局主要职责是，贯彻落实中央和省有关“三农”工作战略、规划、政策和法律法规，拟订并组织实施市农业农村工作政策和法规规章，依法监督管理市种植业、畜牧业、农垦、农业机械化、农产品质量安全，负责农业相关投资项目管理等。承担市扶贫开发领导小组办公室、市委实施乡村振兴战略领导小组办公室日常工作。
